La Junta de Gobierno es el órgano deliberante y ejecutivo que dirige, gobierna y administra la Hermandad a todos los efectos, con sujeción a los acuerdos adoptados en los Cabildos, sin perjuicio de adoptar resoluciones en cuantos asuntos le estén atribuidos, de conformidad con cuanto determinan las presentes Reglas. (Regla 16.1)
Esta Hermandad, por encima de cualquier norma, se encuentra bajo la vigilancia y suprema dirección de nuestra Diócesis de Sevilla, a quien corresponde cuidar de que se conserve en esta congregación de fieles devotos del Santo Cristo de las Penas, María Santísima de los Dolores y San Pedro Apóstol, la integridad de la fe y de las costumbres. (c. 305). (Regla 16.2)
El pasado 29 de Junio de 2021, durante la celebración de la Eucaristía correspondiente a la Función Principal de Instituto del Triduo con motivo de la Onomástica de San Pedro Apóstol, el nuevo Hermano Mayor y su Junta de Gobierno realizaron la jura de cargos para el mandato 2021-2025.
Previamente, el 1 de junio se Cabildo Ordinario en la que se llevó a cabo el cese de la anterior Junta de Gobierno, según establecen nuestras Santas Reglas en su artículo 47.29, y posteriormente la toma de posesión de la nueva encabezada por D. Francisco Javier Marín Fernández.
| CARGO | NOMBRE |
| Director Espiritual | D. Ginés González de la Bandera Romero |
| Hermano Mayor | D. Francisco Javier Marín Fernández |
| Primer Teniente de Hno. Mayor | D. Diego Marín Fernández |
| Segundo Teniente Hno. Mayor | D. Antonio Pedro Borrego González |
| Secretario | D. Jesús Rodríguez Rodríguez |
| Vicesecretario | D. Carlos Javier Gálvez Quirós |
| Adjunta Secretaría | Dña. Gema Bermúdez Fernández |
| Adjunta Secretaría | Dña. María Blanco Robles |
| Adjunta Secretaría | Dña. Inmaculada Márquez Giráldez |
| Adjunta Secretaría | Dña. María Marín Fernández |
| Adjunta Secretaría | Dña. Marina Olmedo Gálvez |
| Tesorero-Mayordomo | D. Manuel Pérez Capitán |
| Vicetesorero-Mayordomo | D. José Luis Mesa Mateos |
| Adjunta Tesorería | Dña. María Fernández Ramírez |
| Fiscal | D. Joaquín Calixto Juárez Salas |
| Censor | D. Francisco Muñoz Sánchez |
| Diputado de Cultos | D. Antonio Javier Martín Rodríguez |
| Diputado de Caridad | D. Pedro Luis Fernández Fuentes |
| Diputada de Formación | Dña. María Dolores Jiménez Jordán |
| Consiliario | D. Moisés Caballero Páez |
| Consiliario | D. Agustín Batet Carrero |
| Prioste | D. Luis Pedro Olmedo Chía |
| Prioste | D. Antonio Manuel Galindo Prieto |
| Prioste | D. Sergio González Martín |
| Prioste | D. José Antonio Fernández Fernández |
| Prioste | D. Francisco Javier Romero Alés |
| Prioste | D. Alberto Blanco Martínez |
| Prioste | D. José Miguel Fernández Ramírez |
| Prioste | D. Rafael Márquez López |
| Adjunto Priostía | D. Guillermo Márquez López |
| Adjunto Priostía | D. Jesús Márquez López |
| Adjunto Priostía | D. Luís Jordán Muñoz |
| Adjunto Priostía | D. Ricardo Osuna Lora |
| Diputado Mayor de Gobierno | D. Jesús Blanco Arias |
| Vicediputado Mayor de Gobierno | D. Pablo Blanco Martínez |
| Fiscal Paso de San Pedro | D. Manuel Damián Fdez. Álvarez |
| Fiscal Paso Virgen de los Dolores | Dña. Carmen María Batet Montaño |
| Delegado Consejo GG. HH. | D. Eduardo Chía Cruz |
| Delegado Consejo GG. HH. | D. Antonio Jesús Marín Fernández |
| Diputado Hermanos Costaleros | D. Manuel Barrero Borrego |
| Diputada Grupo Joven | Dña. Ana Marín Pérez |
| Vicediputada Grupo Joven | Dña. Ana Blanco Robles |
| Diputado Consejo de Adultos | D. Tomas Batet Carrero |
| Diputado Consejo de Adultos | D. Joaquín Castillo Ramón |
| Diputado Consejo de Adultos | D. José Mateos Olmedo |
| Diputado Archivos Históricos | D. Jesús Escudero Segura |
| Vocal | D. José Enrique Castillo Castellano |
| Vocal | D. Joaquín Pedro Fernández Chía |
| Vocal | D. Manuel Olmedo Barrero |
| Vocal | D. Ramón Márquez Fernández |
| Vocal | D. Francisco Javier Jordán Fernández |
| Vocal | D. David Rodríguez Jiménez |
| Vocal | D. Jesús Rodríguez Rodríguez |
| Vocal | D. Rafael Romero Ruiz |
| Vocal | D. Manuel Rafael Reina Prieto |